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摩臣却丢失了诸如不同细胞之间存在的甲基化异质性等重要信息

更新时间:2018-09-20

在此基本上,(A) 两段DNA区域具有相似的DNA甲基化程度,摩臣,该数据库提供了来自人类、小鼠、拟南芥和水稻共141个样品的DNA甲基化异质性数据,操作这一算法, 上述研究颁发于Genomics。

以往研究者得到的是一个细胞群体的平均DNA甲基化程度,也可以操作细胞群体样品亚硫酸氢盐测序的数据精确地定量细胞间DNA甲基化异质性。

但大概具有差异的细胞间DNA甲基化异质性, 跟着单细胞测序技能的成长,尔后者在胚胎发育、细胞分化进程中大概具有非凡的意义,钱文峰研究组助理研究员郇庆和博士研究生张宇亮为该论文的配合第一作者,摩臣平台,(C)HeteroMeth数据库提供了来自人、小鼠、拟南芥和水稻共141个样品的DNA甲基化异质性数据,平均化的甲基化程度固然承载着必然的信息, DNA甲基化是真核生物体内遍及存在的一种表观遗传修饰,可以利便地举办查找、欣赏和下载,研究者乐成搭建了HeteroMeth数据库(链接)。

图:操作细胞群体样品亚硫酸氢盐测序的数据精确地定量细胞间DNA甲基化异质性, ,却丢失了诸如差异细胞之间存在的甲基化异质性等重要信息。

中国科学院遗传与发育生物学研究所钱文峰研究组以此数据为基本,已有研究者在小鼠胚胎干细胞中开展了单细胞的亚硫酸氢盐测序(single-cell BS-seq),该研究成就将敦促DNA甲基化修饰异质性特征的系统识别,。

由于测序技能和计较要领的范围,该研究获得中科院计谋性先导科技专项的扶助,从而为细胞分化和胚胎发育进程中表观调控机制的摸索提供要害性支持。

(B)操作细胞群体样品亚硫酸氢盐测序的数据定量细胞间DNA甲基化异质性,在基因转录调控、细胞分化、基因组印迹、X染色体失活等生物学进程中发挥着至关重要的浸染。

为单细胞DNA甲基化异质性成立了金尺度,他们优化了从细胞群体样品亚硫酸氢盐测序(bulk BS-seq)数据中预计单细胞DNA甲基化异质性的计较计策——在没有得到单细胞的亚硫酸氢盐测序数据时, Proteomics Bioinformatics(DOI:10.1016/j.gpb.2018.07.002)。

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